食品保健品潔凈室（區(qū)）是在食品行業(yè)的原料加工、深加工生產的一門潔凈技術的應用。食品行業(yè)的潔凈室，除了控制空氣中的微粒外，也對空氣環(huán)境的微生物控制嚴格，在技術上防止微生物對食品的交叉污染。其中最具代表性的是無菌包裝，食品的無菌包裝（如軟包裝鮮果汁、牛乳等等），就是在潔凈環(huán)境中完成包裝工藝，在保持食品色、香、味、營養(yǎng)等方面大大優(yōu)于一般的高溫殺菌的罐裝食品。除了無菌包裝，空氣潔凈技術在食品釀造、發(fā)酵中也有很高的應用。

        食品保健品潔凈室（區(qū)）的潔凈等級參照醫(yī)藥工業(yè)潔凈室，但比一般的潔凈室要求要高，根據原來的現在已停止實行的美國聯邦標準FS 209B具體細化可分為100級、1000級、10000級、100000級、3000000級，根據與ISO-14644是國際標準接軌的中國國家標準GB-50073有1～9級，原來的100級、1000級、10000級和100000級都是分別由被國際標準ISO-14644標準中的5級、6級、7級和8級所替代，這類潔凈室（區(qū)）的潔凈度等級1-8級，其中1～5級，氣流流型為單向流或混合流，風速0.2～0.45m/s；6級氣流流型為非單向流，換氣次數50～60次/h；7級氣流流型為非單向流，換氣次數15～25次/h；8～9級氣流流型為非單向流，換氣次數10～15次/h。

        在這類潔凈室更注重衛(wèi)生、安全，對車間內墻壁、天花板和門窗均應選用無毒、淺色、防水、防霉、不脫落、易于清洗的材料修建；墻角、地角、頂角應當具有弧度（曲率半徑應不小于3cm）；車間內的操作臺、傳送帶、運輸車、工器具均用無毒、耐腐蝕、不生銹、易清洗消毒、堅固的材料制作。盡可能使完成的潔凈室能給客戶創(chuàng)造價值，這類潔凈室有很多余熱等可回收的能源，對這類的潔凈室有很多在節(jié)能方面的措施方案潛力挖掘。